Armia stała się najgroźniejszą partią polityczną, coraz bardziej naciskającą na Parlament, by ten doprowadził do detronizacji, a następnie do ukarania Karola I.
Fairfax starał się możliwie największą część swego czasu spędzać w domu, starając się nawet zrezygnować z posady naczelnego wodza armii. Uległ jednak perswazjom i pozostał na dowódczym stanowisku. Na krótko przed wybuchem drugiej wojny odziedziczył po swym ojcu tytuł barona i urząd gubernatora Hull.
Druga wojna, sąd i śmierć króla W roku 1648 znów musiał walczyć z Rojalistami podczas drugiej wojny domowej. Ponownie jego operacje charakteryzowała inteligencja połączona z szybkością, zdecydowaniem i energią. Z powodzeniem oblegał Colchester, po którego kapitulacji zatwierdził egzekucję przywódców Rojalistów Charlesa Lucasa i George’a Lisle'a. W tym samym czasie Cromwell pod Preston zmiażdżył Szkotów.
Po zakończonej wojnie Fairfax zgadzał się z Cromwellem i czołowymi oficerami armii, że Karol powinien zostać ukarany. Stanął na czele składu sędziowskiego, który miał zająć się osądzeniem i ukaraniem króla. Gdy zdał sobie sprawę, że proces zmierza do wyroku śmierci, nie wziął udziału w ogłoszeniu końcowego wyroku.