Fairfax przybył do Londynu 12 listopada 1645 roku. Król wrócił z Walii i zatrzymał się w Oksfordzie, gdzie był silny garnizon. Stamtąd wymknął się potajemnie, by przez Newark dotrzeć do Szkocji. We wrześniu 1646 roku skapitulował Oksford. Gdy broniący Wallingford Castle pułkownik Thomas Baggle poddał się oblegającemu go Fairfaxowi, król Karol I nie miał już żadnej twierdzy na terenie Anglii. W styczniu 1647 roku Szkoci postanowili przekazać króla Parlamentowi. Na czele przedstawicieli Parlamentu stanął Thomas Fairfax, który spotkał króla za Nottingham i towarzyszył mu w podróży do Holdenby.
Okres pokoju Po upadku Rojalistów rozpoczął się okres negocjacji między Parlamentem a królem, królem a Szkocją oraz między Prezbiterianami a Independentami – zarówno w Parlamencie, jak i poza nim. W rozmowach tych wkrótce zaczęła odgrywać poważną rolę Armia Nowego Typu. Naczelny wódz (Lord general) znalazł się w nieprzyjemnej pozycji między swoimi oficerami a Parlamentem. Do skarg żołnierskich na typowe w tych czasach zaległości płatnicze dołączyła polityczna propaganda Independentów. Doprowadziło to do tego, że w lipcu osoba króla została pochwycona przez Joyce’a – młodszego oficera kawalerii. Akt ten pokazał, że wszelkie próby kontrolowania armii przy pomocy artykułów wojskowych z góry skazane są na niepowodzenie.