Szah Budakida Muhammad-Jar wezwał jednak na pomoc chana Abdullatifa (1540–1552) i przywódcę Sujundżukidów Nauruza Ahmada (1552–1556), tak że w walkę zaangażowały się wszystkie cztery apanaże. Abdullatif wraz z Nauruzem Ahmadem zajęli Miankal, tym samym pozbawiając apanażu brata Pir Muhammada Iskandera (1561–1583). W ciągu następnych kilku lat Dżanibekidzi próbowali wykorzystać każdą okazję do odzyskania dawnej pozycji, przy czym najbardziej aktywny okazał się syn Iskandera Abdullah (1583–1598). Po śmierci Nauruza Ahmada w roku 1556 odzyskał on Miankal, następnie zaś wypędził synów Nauruza Ahmada z Samarkandy, by w maju 1557 roku zdobyć Bucharę, ostatecznie anektując apanaż Szah Budakidów. Buchara miała odtąd już pozostać stolicą chanatu. Był to pierwszy z czterech pierwotnych apanaży, który przestał istnieć. Jednocześnie Abdullahowi udało się doprowadzić do ustanowienia chanem jego wuja Pir Muhammada.