Rola latarni twierdzy z czasem zaczęła maleć. Zmiany u ujścia Wisły spowodowały, że zaczęła wskazywać niebezpieczne wejście do portu poprzez mielizny. Ostatecznie w 1758 roku zdecydowano o wygaszeniu światła na szczycie wieży. Po I rozbiorze Polski w 1772 roku twierdza straciła kontrolę nad ujściem Wisły na rzecz Królestwa Pruskiego, które zajęło tereny Nowego Portu z Szańcem Zachodnim oraz Westerplatte. W 1793 roku (II rozbiór Polski) znalazła się, tak jak i Gdańsk, w granicach Prus.
1807–1938 W 1807 roku doszło do oblężenia Gdańska przez wojska Napoleona Bonapartego, ale mimo że twierdza nie została zdobyta, siły koalicji antyfrancuskiej poddały miasto. Przez następne sześć lat funkcjonowała w granicach Wolnego Miasta, aż do 1813 roku i kolejnego oblężenia Gdańska. Tym razem twierdza odpierała atak wojsk rosyjskich, lecz i tym razem pozostała niezdobyta. Po walkach toczących się przez prawie rok, francuski garnizon broniący murów miasta skapitulował, tym samym załoga twierdzy również musiała zakończyć działania obronne. Zwrot twierdzy Prusom nastąpił w wyniku postanowień kongresu wiedeńskiego (1814–1815).