1651–1806 thumb|left|Plan twierdzy według planu z ok. 1660 thumb|left|Mapa ujścia Wisły z fortyfikacjami (ok. 1750 r.) W latach 1651–1652 zbudowano rawelin na plaży między bastionami Ostroróg i Świński Łeb, a w 1654 roku przed północną częścią Szańca Wschodniego ukończono budowę przedwału. Szaniec Zachodni został w 1654 roku rozebrany. W jego miejscu powstał nowy, w postaci dwóch rawelinów, zabezpieczonych od strony lądu suchą fosą z palisadą. W czasie najazdu szwedzkiego twierdzę bezskutecznie oblegały wojska Karola X Gustawa i mimo blokady Gdańska nie zdołały zdobyć miasta.
W 1708 roku zlikwidowano wały Szańca Wschodniego. W 1709 roku latarnię wraz z renesansowym hełmem zniszczył pożar, odbudowano ją w 1721 roku podwyższając o jedną kondygnację. Szczyt zwieńczono późnobarokowym hełmem. W 1734 roku podczas wojny o sukcesję polską wojska rosyjskie oblegały Gdańsk i Twierdzę Wisłoujście. Miasto ostatecznie w lipcu podpisało kapitulację, a twierdza została obsadzona żołnierzami carskimi i zwrócona dopiero w maju 1736 roku, po spłacie kontrybucji nałożonych na miasto.