Na mocy pokoju w Tylży tereny Grudziądza położone na północ od kanału Trynka pozostały w rękach pruskich. Grudziądz był jedną z niewielu twierdz pruskich, które nie zostały zdobyte przez armię napoleońskąMariusz Żebrowski Fortyfikacje Grudziądza – oblężenie w 1807 roku, miesięcznik Kurier Grudziądzki, maj 2007, .
Po kongresie wiedeńskim
Po zakończeniu wojen napoleońskich Prusacy nie wykonywali już znaczniejszych robót rozbudowujących fortyfikacje. Z czasem stan obiektów ulegał raczej degradacji, zwłaszcza w zakresie przeciwstoku (zlikwidowano np. lunety i niektóre raweliny). Cytadela pełniła głównie rolę koszarową i magazynową, a także więzienia dla więźniów politycznych oraz miejsca internowania wojsk polskich po powstaniu listopadowym, m.in. pułkownika Edmunda Calliera.
30 kwietnia 1862 roku wybuchł bunt żołnierzy pruskich narodowości polskiej pod dowództwem Gotfryda Klatta, jednak nie spowodował ważniejszych konsekwencji. W grudniu 1870 z cytadeli zbiegł Félix Gustave Saussier, przebywający jako jeniec wojenny francuski pułkownik.