W okresie protektoratu rosyjskiego, a więc długiego panowania chana Muhammada Rahima Bahadura oraz Isfandiyara system władzy pozostał zorganizowany w podobny do wcześniejszego sposób, przy czym każda jego zmiana musiała być zaakceptowana przez rosyjskiego generał–gubernatora turkiestańskiego.
W schyłkowym okresie funkcjonowania chanatu wódz turkmeńskiego plemienia Ýomudów Juneýd najpierw zdobył pełnię władzy wojskowej (tytuł serdar-karima), a następnie zgładził chana Isfandiyara i rządził za plecami chana Sayida Abdullaha. W 1918 roku wybuchło inspirowane przez bolszewików powstanie antymonarchistów i plemion turkmeńskich. 2 lutego 1920 roku chan abdykował i został zesłany na tereny Ukraińskiej SRR, natomiast Juneýd przewodził oddziałom basmaczy walczących z władzą radziecką jeszcze w latach 30. Do Chiwy w 1920 roku wkroczyła Armia Czerwona i utworzono radzieckie państwo satelickie – Chorezmijską LRR.
Chanowie Chiwy Dynastia Czyngisidów