thumb|240px|Grób gen. Bolesława Chochy na cmentarzu parafialnym w Józefowie w powiecie otwockim Od 11 kwietnia 1968 do 11 stycznia 1973 był szefem Sztabu Generalnego Wojska Polskiego – wiceministrem obrony narodowej. W grudniu 1968 ukończył Kurs Strategiczny w Wojskowej Akademii Sztabu Generalnego Sił Zbrojnych ZSRR im. Klimenta J. Woroszyłowa w Moskwie.
Współodpowiedzialny za masakrę robotników w Gdyni w grudniu 1970 roku. 16 grudnia wieczorem partyjni dygnitarze Zenon Kliszko i Ignacy Loga-Sowiński wrócili do Warszawy, pod ich nieobecność osobą decyzyjną stał się generał Chocha. Na jego polecenie zwołano odprawę, która odbyła się około godziny 22.00. Mimo protestów Kociołka, generał Chocha utrzymał decyzję o blokadzie stoczni. 17 grudnia rano stoczniowcy, usiłujący dostać się do pracy, zostali zmasakrowani ogniem broni maszynowej żołnierzy 32 Pułku Zmechanizowanego. Wiele wskazuje na to, że decyzję o utrzymaniu blokady zakładów pracy na Wybrzeżu podjął generał Chocha w porozumieniu ze swym przełożonym, generałem Wojciechem Jaruzelskim.