W 1586 dokonano kolejnych zmian w kościele. Przed głównym wejściem południowym wzniesiono kruchtę z gotlandzkiego piaskowca, pochodzącego prawdopodobnie z byłego zamku biskupiego. Z zabytków z tamtej epoki należy wymienić malowany tryptyk ze sceną Ukrzyżowania z 1570 (ołtarz kościoła polskiego), rzeźbiony dawny ołtarz główny z ok. 1690, ambonę „polską” z 1634, efektowne rzeźbione epitafia: Augustyna Mildego z 1602, Jerzego von Rembau z 1610 i Eilharda Menckena z 1683. mały|lewo|Wieża kwidzyńskiej Katedry W 1705 od strony północnej została dobudowana kaplica grobowa Ottona Fryderyka von Groeben, z nagrobkiem przedstawiającym zmarłego i jego trzy kolejne małżonki (ok. 1710–1728) i z rodowymi portretami. Rzadkim zabytkiem są dwa bogato zdobione ewangelickie konfesjonały z 1716, dzieło Józefa Antoniego Krausego (Kruse), któremu przypisuje się też wystrój mauzoleum Groebenów.
W 1807, w okresie wojen napoleońskich, kościół został zamieniony na magazyn żywności i halę ćwiczeń. Budynek został zdewastowany. Dopiero w latach 1816-1817 za sprawą architekta Schroedera przeprowadzono prace modernizacyjne polegające na usunięciu ścian działowych i naprawieniu gzymsów.