Do gotyckiego wyposażenia kościoła należała malowana szafa relikwiarzowa bł. Doroty z Mątowów, obecnie zaginiona.
W latach 1478–1479 w trakcie oblężenia Kwidzyna przez wojska polskie podczas tzw. wojny księżej, katedra została uszkodzona, a sklepienie dolnej części prezbiterium (krypty) zawaliło się i nie zostało odbudowane. W 1496 bp Jan IV podpisał dokument w którym nakazał odbudowę zniszczeń. Za czasów biskupa Hioba von Dobeneck (1502–1521) powstały, zachowane do dziś, malowidła ścienne w prezbiterium, przedstawiające poczet 17 biskupów pomezańskich i 3 wielkich mistrzów krzyżackich, w tym 2 pochowanych w krypcie oraz rzeźbiony tron biskupi z 1504 r. o formach późnogotyckich z herbem diecezji i herbem biskupa.
Okres protestancki W latach 1525–1526 Prusy Książęce przeszły na protestantyzm, co z czasem przyniosło zmiany w wyglądzie kościoła, który stracił dotychczasową rangę administracyjną. Diecezja uległa formalnej likwidacji w 1578. Wnętrze świątyni otynkowano, a prezbiterium i korpus przedzielono ścianą fachwerkową, wyznaczając w ten sposób miejsca modlitwy dla gminy niemieckiej (korpus), polskiej (prezbiterium) i okresowo czeskiej (zachodnia część korpusu).