Od tej pory obie osady uznawane są za oddzielne wsie.
Obie wsie, stanowiące królewszczyznę, były dzierżawione szlachcie, tworząc z innymi wsiami tzw. klucz makowski. Sytuacja chłopów była ciężka, tak że niekiedy dochodziło do wystąpień przeciwko właścicielom ziemskim. Największy z nich miał miejsce w 1699, a na jego czele stanął wójt Skawicy Jakub Śmietana. Bunt został jednak wkrótce stłumiony, a jego przywódca ścięty. W tym też okresie działali miejscowi zbójnicy, nazywani tutaj „beskidnikami”.
Po I rozbiorze Polski obszar gminy zajęty został przez Austriaków. Wkrótce okoliczne dobra zajęte został przez skarb austriacki. W 1839 nabył je hrabia Filip Saint Genois d’Anneaucourt, który rozwijał tu m.in. hutnictwo żelaza. Upadek tego drobnego przemysłu sprawił, że w 1878 jego syn sprzedał te dobra Habsburgom z Żywca. Pogorszenie sytuacji zmusiło mieszkańców do migracji zarobkowych. Pod koniec XIX wieku obie wsie zamieszkiwało już blisko 6,5 tys. mieszkańców. W Zawoi istniała szkoła i urząd pocztowy.