W 1629 miasto liczyło już 784 mieszkańców. Rodzina Zebrzydowskich, chcąc uaktywnić Sępólno pod względem handlowym, w 1644 wydała zezwolenie na osadzanie się w mieście Żydów. W 1655 podczas wojny polsko-szwedzkiej zwanej potopem miasto dostało się pod władzę Szwedów. Rok później zostało wyzwolone przez Stefana Czarnieckiego, po czym w tym samym roku w mieście wybuchła zaraza, która pochłonęła ponad 1000 ofiar śmiertelnych. W 1674 odnowiony został przywilej lokacyjny, który miał stanowić podstawę odrodzenia miasta. W tym czasie Sępólno liczyło 540 mieszkańców. thumb|left|Budynek Państwowej Straży Pożarnej przy ul. H. Sienkiewicza
W wyniku I rozbioru Polski 13 sierpnia 1772 Sępólno zostało włączone do Królestwa Prus i odtąd znane było jako Zempelburg. Władza zaborcza zmusiła burmistrza miasta do złożenia hołdu królowi pruskiemu Fryderykowi II i wezwała przedniejszych mieszkańców, a w szczególności właścicieli ziemskich, by w dniu 27 września 1772 udali się do Malborka i również oddali hołd władcy pruskiemu. thumb|left|Budynek Urzędu Miasta i Gminy oraz Starostwo Powiatu Sępoleńskiego przy ul. T. Kościuszki