Kościoły zamknięte w czasie rewolucji zostały otwarte, a wygnani księża (w tym Jakub Rey) z wolna wracali do swoich parafii.
W tym czasie młody Jan Vianney podjął decyzję o zostaniu księdzem. Pomysł ten spotkał się z akceptacją ze strony matki, jednak ojciec kategorycznie się temu sprzeciwił. Uważał za niepoważne płacenie za edukację dorosłego syna przy innych wydatkach, takich jak wykupienie jego brata Franciszka od służby wojskowej, czy posag dla jego siostry Katarzyny. Dodatkowo był niechętny rezygnacji z jego rąk do pracy w gospodarstwie. Wobec jednak nalegań matki i syna ustąpił.
W 1803 roku Jan Vianney podjął starania o rozpoczęcie edukacji w szkole parafialnej w Écully. Prowadzący szkołę ksiądz Karol Balley ze Zgromadzenia Kanoników Regularnych św. Augustyna początkowo nie chciał przyjmować nowego ucznia, ze względu na brak miejsc. Jednak po rozmowie z młodym Vianneym zmienił zdanie, gdyż zaimponowała mu religijność chłopca, którego poznał już wcześniej przy okazji jego pierwszej świętej komunii.