Niemniej jednak rodzina Vianneyów podjęła to ryzyko.
W 1793 roku doszło do krwawych walk w Lyonie, a wojska rewolucyjne często przechodziły przez wieś. Dodatkowo wzmagał się terror, wiele tysięcy ludzi straciło życie na gilotynie.
W tych warunkach młody Jan dorastał. Od siódmego roku życia pomagał rodzicom w pracach polowych. W tym też okresie jego ulubioną zabawą były procesje religijne. Wtedy też zwierzył się jednej z koleżanek, że chciałby zostać księdzem.
Szkoła parafialna w Dardilly została zamknięta decyzją władz. Nowa została utworzona dopiero w 1795 przez obywatela Dumasa. Jan uczęszczał do niej w czasie wolnym od prac polowych, odznaczając się dobrym zachowaniem i pilnością. Pierwszą Komunię Świętą przyjął potajemnie, w szopie. Sakrament otrzymał z rąk księdza Karola Balleya (Charles Balley), który wcześniej odprawił dla dzieci potajemne rekolekcje. Ksiądz ten w przyszłości odegrał dużą rolę w drodze wiodącej Jana do kapłaństwa.
Droga do kapłaństwa W listopadzie 1799 roku Napoleon Bonaparte przejął władzę we Francji. Położył kres wojnom domowym i prześladowaniu Kościoła. 16 lipca 1801 roku podpisał konkordat z papieżem, przywracający swobodę kultu religijnego.