W wyniku modernizacji została dwukrotnie powiększona przestrzeń ekspozycyjna Muzeum – obecnie to już około 6 tys. m². Utworzone zostały też nowoczesne powiązania komunikacyjnie, dzięki którym powstać może funkcjonalny układ komunikacyjny oraz logiczny ciąg zwiedzania wszystkich hal. Nowe przestrzenie pozwolą na dobrą prezentację muzealnych zbiorów. Trwają już prace nad jej powstaniem. Utworzono przestronne i komfortowe centrum obsługi zwiedzających, salę konferencyjno-edukacyjną oraz wygodną przestrzeń do odpoczynku i samodzielny sklepik muzealny. Zainstalowano oszczędne i ekologiczne technologie (fotowoltaika na dachu hali D). Dziedziniec wyposażony został w odpowiednie instalacje, dzięki czemu można wykorzystywać go do organizacji imprez plenerowychEfekty realizacji projektu pokazuje film „Podziemne miasto”..
Dyrektorzy Stanisław Pochwała (1998–2013) Marek Golonka (2014–2016) Piotr Gój (od 2017)