Doprowadzono do niej szyny, aby uruchomić Krakowską Linię Muzealną obsługiwaną przez zabytkowe tramwaje (działa czasowo) 2008–2009 remont siedziby Krakowskiej Spółki Tramwajowej, budynku z 1882 roku, w którym obecnie mieści się administracja Muzeum odnowienie magazynów, budynków pochodzących z 1882 remont dziedzińca muzealnego, z którego zdjęto wierzchnią warstwę (został na nim odsłonięty zabytkowy zbiornik na benzynę z 1923 roku); eksponowany obecnie pod szklaną piramidą. w 2019 roku muzeum pozyskało środki unijne na realizację projektu pn. „Rewaloryzacja zabytkowej siedziby Muzeum Inżynierii i Techniki w Krakowie na potrzeby nowoczesnego Muzeum Nauki i Techniki” w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko 2014–2020, działania 8.1 oś priorytetowa VIII Ochrona Dziedzictwa Kulturowego i rozwój zasobów kultury. Przez lata ograniczone możliwości ekspozycyjne całego obiektu nie pozwalały na dalszy rozwój instytucji. Trzeba było dokonać poważnej inwestycji, żeby powiększyć przestrzeń, by móc odpowiednio zaprezentować w niej muzealne obiekty, a także organizować tematyczne wystawy czasowe. Projekt składa się z trzech etapów: przebudowa siedziby głównej przy ul. Św. Wawrzyńca 15, konserwacji obiektów i utworzenia nowej wystawy stałej. W 2021 roku zakończone zostały prace budowlane.