Kolejnym imperium, jakie rozkwitło w dorzeczu Nigru, było Imperium Mali. Stolicą było wówczas Timbuktu, jednak istotną rolę jako ośrodek handlowy w dorzeczu Nigru odgrywało także miasto Dżenne, położone dalej na zachód, na równinie Macina. Miasto to dzięki swojemu strategicznemu położeniu na wyspie na rzece Bani długo opierało się jednak wpływom Mali i funkcjonowało jako niezależne miasto-państwo. Samo Imperium Mali rozciągało się natomiast daleko na zachód aż na tereny dzisiejszego Senegalu nad Oceanem Atlantyckim. Głównym źródłem dochodu był wówczas handel złotem. W XIV wieku imperium rozpadło się jednak przede wszystkim wskutek konfliktów dynastycznych. W stolicy kraju szybko dochodziło do zmian władców, w wyniku czego królowie ci szybko stracili kontrolę nad całością państwa. W czasie swojego istnienia malijskie imperium przyczyniło się jednak do rozprzestrzenienia cywilizacji i kultury po obszarze zachodniego Sahelu i Sudanu. Rozprzestrzenił się wówczas także charakterystyczny dla Imperium Mali styl architektoniczny – domy budowane z gliny lub cegły suszonej, typowymi przykładami są tu meczety w Dżenne i Timbuktu, jednak styl ten spotykany jest także bardziej na południe, na terenach współczesnego Burkina Faso (np. Wielki Meczet w Bobo-Dioulasso) oraz Wybrzeża Kości Słoniowej (np.