Za obszarem zalewowym Macina, począwszy od miasta Bamba rozpoczyna się drugi odcinek biegu rzeki. Wody Nigru płyną tu szerokim łukiem po bardziej spadzistym terenie i – zostawiwszy w tyle miasto Timbuktu – kierują się na wschód ku przełęczy Taoussa w obszarze Sahary. Rzeka ma tu ledwie 100 metrów szerokości i drąży sobie drogę wśród kwarcytowych skał. Na tym pustynnym odcinku wód Nigru nie zasila żaden dopływ. Rzeka kieruje się dalej na południowy wschód, przepływając przez miasta Gao i Ansongo. Kończy się tu żeglowny odcinek i znowu zaczynają się liczne bystrza, ciągnące się aż do miasta Say w państwie Niger. Wody rzeki opuszczają tu pustynię i wpływają ponownie w obszar Sudanu. Na tym terenie nad rzeką położona jest nigerska stolica Niamey. Niger płynie dalej wzdłuż granicy z Beninem, po czym wkracza w obszar Nigerii.