Za Bamako wody Nigru natrafiają na skały Sotouba. Często występują tu bystrza, które uniemożliwiają żeglugę na odcinku aż do miasta Koulikoro. Przez następne 1600 kilometrów Niger jest jednak znowu żeglowny. Za miastem Ségou wpływa na szeroką równinę Macina i rozdziela się tam na labirynt mniejszych rzek, zwanych wewnętrzną deltą Nigru. W okresie pory deszczowej wody tych rzek wzbierają i teren ten jest zalewany – strumienie łączą się w jedną wielką rzekę o szerokości nawet do 150 kilometrów. Obszar ten był niegdyś wewnętrznym morzem, do którego uchodził Niger oraz rzeka Bani, będąca obecnie jego prawym dopływem o ujściu w okolicach miasta Mopti. Z czasem, kiedy wody morza podniosły się na tyle, że znalazły ujście, rzeki te połączyły się z inną rzeką, która stanowi obecnie dalszy odcinek Nigru.