29 września 1989 roku, wyrokiem Sądu Wojewódzkiego w Piotrkowie Trybunalskim, został czterokrotnie skazany na karę śmierci – za każde zabójstwo z osobna – i pozbawienie praw publicznych na zawsze. W wyniku amnestii z 7 grudnia 1989 roku wyrok został zmieniony na karę 25 lat pozbawienia wolności. Karę tę odbywał w Zakładzie Karnym nr 2 w Strzelcach Opolskich, a od 2012 roku – w Zakładzie Karnym w Rzeszowie Załężu, nie otrzymując zgody na przerwy w jej odbywaniu. W więzieniu złożył wniosek o zmianę nazwiska na Komornicki (rodowe nazwisko swojej matki), ale Urząd Stanu Cywilnego w Piotrkowie Trybunalskim, Sąd Okręgowy w Opolu oraz wojewoda nie przychylili się do wniosku. W 2011 roku Wydział Penitencjarny Sądu Okręgowego w Opolu zarządził poddanie Trynkiewicza przymusowej terapii zaburzeń preferencji seksualnych, które odbyło się w Rzeszowie.
Wyjście z więzienia i izolacja Odbywanie kary kończyło się 11 lutego 2014 roku. Dzień przed wyjściem mordercy funkcjonariusze więzienni przekazali prokuraturze szkice i zdjęcia znalezione w celi Mariusza Trynkiewicza, które miały zawierać treści o charakterze pedofilskim. 11 lutego prokuratura, po zbadaniu przekazanego materiału, stwierdziła, że nie zawierają treści zabronionych przez prawo.