Władze brytyjskie przewidywały wcielenie protektoratu Beczuany do Związku Południowej Afryki, jednak wobec opozycji przywódców plemiennych plany te nie zostały zrealizowane. Ostatecznie odstąpiono od nich wraz z intensyfikacją polityki apartheidu prowadzonej przez władze Południowej Afryki i zerwaniem więzi z Wielką Brytanią (proklamacja Republiki Południowej Afryki w 1961 roku). W 1965 roku stolicę przeniesiono z Mafeking (wówczas już na terytorium obcego państwa) do wybudowanego od podstaw miasta Gaborone.
W latach 50. XX wieku w Beczuanie powstały ruchy narodowowyzwoleńcze, które doprowadziły w roku 1966 do niepodległości kraju, pod nazwą Botswana. Pierwszym prezydentem został Seretse Khama. Wybrano go ponownie na dwie kolejne kadencje i zmarł pełniąc urząd 13 lipca 1980. Prezydenturę po nim objął będący wówczas wiceprezydentem Quett Masire, który uzyskał reelekcje w wyborach w 1984, 1989 i 1994. W 1998 prezydentem został Festus Mogae, który sprawował władzę do chwili ustąpienia z urzędu w roku 2008. W latach 2008–2018 urząd prezydenta sprawował Seretse Ian Khama – syn pierwszego prezydenta Seretse Khamy.