Kościół Kościół św. Eliasza z 1631–1640, jest miejscem kultów Matki Boskiej Szkaplerznej i św. Rafała Kalinowskiego. Wzniesiony na planie krzyża łacińskiego w stylu wczesnobarokowym, zdobiony jest czarnym marmurem dębnickim (kamieniołom w Dębniku należał wówczas do klasztoru). Z tego materiału wykonane są m.in. ołtarze, posadzka i świeczniki oraz portal, prowadzący do kościoła, w którym nad drzwiami znajduje się sentencja: Ipse Deus locum secretum quaret. O beata solitudo. O sola beatitudo. Przy wejściu do kościoła, pod posadzką, została pochowana fundatorka klasztoru. Do kościoła przylegają dwie kaplice: św. Jana od Krzyża oraz św. Rafała Kalinowskiego, gdzie umieszczone są jego szczątki.
W ołtarzu głównym znajduje się obraz przedstawiający św. Eliasza, namalowany przez Tomasza Dolabellę w 1640. W ołtarzu bocznym umieszczony jest otoczony czcią obraz Matki Boskiej Szkaplerznej z XVII wieku o wymiarach 208 × 107 cm. Obraz został koronowany koronami papieskimi w 1988.