Studnia, znajdująca się na klasztornym podwórku, została wykuta w litej skale w latach 1644–1651. Jej głębokość wynosi 21,5 m, a średnica 2 m. Studnia obudowana jest późniejszą kopułą, krytą gontem i wspieraną przez osiem kolumn.
Przy leśnych ścieżkach znajdują się zagłębienia w ziemi, po zasypanych sztolniach wydobywczych rudy galmanu z przełomu XIX i XX w.
Teren klasztoru położony jest na obszarze Natura 2000 – Czerna, który został utworzony w celu ochrony kolonii rozrodczej podkowca małego (Rhinolophus hipposideros) – gatunku z załącznika II dyrektywy siedliskowej. Zlokalizowana jest ona w piwnicy klasztoru. Występują tu także dwa inne gatunki nietoperzy: nocek orzęsiony (Myotis emarginatus) i nocek duży (Myotis myotis). Dodatkowo, w najbliższym sąsiedztwie klasztoru występuje żyzna buczyna karpacka – siedlisko z załącznika ICzerna. pp. 55-57. W: Perzanowska J., Grzegorczyk M. (red.). Obszary Natura 2000 w Małopolsce. Instytut Ochrony Przyrody PAN, Kraków 2009. .