Kalkilja była miejscem pierwszej wymiany ognia podczas intifady Al-Aksa, kiedy to 29 września 2000 palestyński policjant, pełniąc wspólną służbę patrolową z policjantem izraelskim, zastrzelił swego partnera.
W 2002 Izraelczycy rozpoczęli na zachodzie budowę muru bezpieczeństwa, który otoczył Kalilję od północy, zachodu i wschodu. Zachodni odcinek stanowi mur o wysokości 8 metrów z systemem wież obserwacyjnych. Północny i południowy odcinek jest barierą bezpieczeństwa, który obejmuje drogi patrolowe i rowy. Mur odciął mieszkańców Kalkilji od gruntów rolnych. Doprowadziło to do licznych demonstracji sprzeciwu i gniewu przeciwko murowi bezpieczeństwa. W 2007 na wschód od miasta powstała izraelska baza wojskowa. W ten sposób miasto zostało całkowicie otoczone przez mur bezpieczeństwa, a wszystkie drogi zostały przecięte przez punkty kontrolne.
26 marca 2008 izraelscy żołnierze aresztowali w Kalkilji członka Hamasu, Omara Jabara, który odpowiadał z przeprowadzenie zamachu terrorystycznego w Netanji, w wyniku którego zginęło 30 Izraelczyków, a 143 osoby zostały ranne (zamach przeprowadzono podczas wieczerzy paschalnej w 2002).
Demografia Według danych Palestyńskiego Centrum Danych Statystycznych w 2007 w Kalkilji żyło 45,2 tys.