Jednakże obóz uchodźców w Kalkilji nigdy nie został ustanowiony formalnie, bowiem lokalni politycy zabiegali w misji UNRWA o to, by programem pomocowym objęta została cała ludność, tak miejscowa, jak i napływowa.
Podczas wojny sześciodniowej w 1967 Kalkilję zajęły wojska izraelskie. Dowództwo izraelskie podjęło wówczas decyzję o wysiedleniu mieszkańców i całkowitym zniszczeniu miasta. W dniach 19 czerwca-18 lipca 1967 co najmniej 850 spośród 2000 budynków mieszkalnych zostało zburzonych. Dopiero po interwencji grupy izraelskich intelektualistów i naukowców, którzy zaapelowali do rządu o powstrzymanie zniszczeń, decyzja armii została cofnięta.
Gdy w 1987 wybuchła intifada w mieście działały liczne arabskie organizacje niepodległościowe. Izraelskie siły bezpieczeństwa wielokrotnie wkraczały do Kalkilji, aresztując poszukiwanych bojowników i przejmując magazyny broni. Przy tej okazji dochodziło do licznych starć izraelsko-palestyńskich.
thumb|left|180px|Mur bezpieczeństwa z Kalkilji Po zawarciu w 1993 porozumień z Oslo tereny te znalazły się w Autonomii Palestyńskiej w obszarze o statusie „A” (są to tereny pozostające pod kontrolą palestyńską).