W administracji Busha Rice była jednym z najgorętszych zwolenników interwencji w Iraku w 2003 roku – wyraziła to m.in. artykułem w „New York Times”, zatytułowanym Why We Know Iraq Is Lying. W marcu 2004 roku Rice odmówiła złożenia zeznań pod przysięgą przed narodową komisją do spraw terrorystycznych ataków na Stany Zjednoczone, co wzbudziło silne kontrowersje. Biały Dom tłumaczył to tradycją zezwalającą na odmowę składania zeznań. Debata wokół jej roli w antyterrorystycznej polityce USA wzmogła się po opublikowaniu książki Richarda Clarke’a Against All Enemies. George W. Bush zgodził się pod presją na składanie zeznań przed Kongresem przez urzędników, o ile nie stworzy to precedensu. Ostatecznie zeznania zostały złożone w kwietniu 2004 roku przed tzw. Komisją 9/11, a nie przed Kongresem. Rice stała się pierwszym urzędującym doradcą do spraw bezpieczeństwa, który złożył publicznie zeznania.