Albrecht był od 1596 r. namiestnikiem Niderlandów, wcześniej był wicekrólem Portugalii i arcybiskupem Toledo. Przed ślubem został zwolniony ze ślubów kościelnych przez papieża Klemensa VIII. Tuż przed śmiercią Filip II przekazał prawa do Niderlandów swojej córce i jej mężowi.
W Hiszpańskich Niderlandach thumb|Izabela w habicie zakonnym, obraz Rubensa z 1625 W 1601 r. para arcyksiążęca zamieszkała w Niderlandach Hiszpańskich, wspólnie sprawując tam rządy namiestnicze. Po śmierci Albrechta w 1621 r. Izabela pozostała namiestniczką w imieniu swojego bratanka króla Filipa IV. Wstąpiła również do klasztoru klarysek (Descalzas Reales) w Madrycie. Okres rządów Albrechta i Izabeli uznawany jest za złotą erę hiszpańskich Niderlandów, okresem pokoju po 40 latach wojny i rozwoju gospodarczego.
Dużą zasługą arcyksięstwa było przywrócenie autorytetu Korony w podległych sobie prowincjach. Rządy Albrechta i Izabeli przyczyniły się do wykształcenia odrębnej tożsamości narodowej mieszkańców Niderlandów Hiszpańskich oraz do wykorzenienia antyhiszpańskich nastrojów, co mocniej związało te ziemie z hiszpańską metropolią. Małżonkowie przyczynili się również do ostatecznego tryumfu katolicyzmu w południowych Niderlandach.