Kiedy w 1589 r. został zamordowany wuj Izabeli, król Francji Henryk III Walezy, Filip ogłosił swoją córkę dziedziczką korony francuskiej. Mimo iż już od ponad 200 lat sukcesja tronu we Francji odbywała się według reguł prawa salickiego, które wykluczało kobiety z linii sukcesji, Izabela zyskała pewne poparcie we Francji. Parlament paryski określił ją mianem prawowitej władczyni. Dzięki pomocy księcia de Mercoeur udało się Hiszpanom uchwycić w 1590 r. przyczółki w Bretanii. Jednak król z mocy prawa salickiego, Henryk IV Burbon, zdołał obronić swoje prawa do tronu i koronować się w 1594 r. W 1598 r. został uznany przez Filipa II.
Izabela wyszła za mąż dopiero w wieku 31 lat. 18 kwietnia 1599 r. w Walencji poślubiła swojego kuzyna, arcyksięcia Albrechta VII Habsburga (15 listopada 1559 – 13 lipca 1621), młodszego brata Rudolfa II, syna cesarza Maksymiliana II i Marii, córki cesarza Karola V, dziadka Izabeli. Albrecht i Izabela mieli razem dwóch synów i córkę: Filip (ur. 21 października 1605), zmarł w niemowlęctwie Albrecht (ur. 27 stycznia 1607), zmarł w niemowlęctwie Anna Mauritia, zmarła w niemowlęctwie