3 marca następnego roku odbyła się pierwsza legalna kapituła, na której Jan od Krzyża został wybrany definitorem, a prowincjałem został Hieronim Gracjan.
W 1581 roku udał się do Ávili, by przekonać Teresę by założyła nowy konwent w Grenadzie. Jednak la Madre poleciła, by to Jan z kilkoma siostrami i przełożoną Anną od Jezusa podjęli się tej misji. Na przełomie 1581 i 1582 roku wystąpili o pozwolenie i udali się do Grenady. Gdy dotarli na miejsce okazało się, że dom w którym chcieli założyć klasztor nie jest już dostępny, a biskup nadal nie wyraził zgody. Pomoc w organizacji okazała pewna bogata kobieta, a Jan tymczasowo zatrzymał się w klasztorze Los Martines. Bracia wybrali Jana nowym przeorem klasztoru, gdzie pozostał na kolejne sześć lat. W 1583 roku wziął udział w drugiej kapitule w Almodóvar del Campo, a rok później spisał ułożoną przed laty Pieśń duchową i Żywy płomień miłości. W kolejnym roku w Lizbonie odbyła się kapituła generalna, gdzie Jan został drugim definitorem zakonu oraz wikariuszem prowincjalnym.