W czasie pracy poznał jezuitę, Jana Bonifacego, który zaproponował mu dalszą edukację z zakresu gramatyki, retoryki i metafizyki. W okresie 1559–1563 łączył pracę pielęgniarza i naukę w szkole, zajmował się także żebraniem na targu, w celu zapewnienia funduszy dla szpitala. Następnie otrzymał propozycję zostania kapelanem szpitalnym, jednak po długich namysłach ją odrzucił. Wstąpił do zakonu karmelitów, gdzie natychmiast rozpoczął nowicjat. Po 21 maja 1564 roku złożył śluby zakonne i przyjął imię Jan od św. Macieja. Pod koniec roku wyjechał do Salamanki, gdzie podjął naukę na tamtejszym uniwersytecie. Studiował sztuki wyzwolone i teologię, a w 1567 roku przyjął święcenia kapłańskie.
Kapłaństwo i współpraca z Teresą z Ávili Aby odprawić mszę prymicyjną udał się do Medina del Campo i podczas podróży rozważał wstąpienie do kartuzów, gdyż reguła karmelitów była dla niego zbyt łagodna. Jesienią 1567 roku spotkał się z karmelitanką Teresą z Ávili. Planowała ona odnowić zakon i powrócić do pierwotnej reguły, która przez lata była łagodzona. Po spotkaniu Jan powrócił do Salamanki by ukończyć studia teologiczne. Po ukończonych studiach udał się wraz z la Madre i kilkoma innymi zakonnicami oraz jednym byłym kapelanem do Valladolid, a następnie do Duruelo, by otworzyć tam nowy klasztor.