W północnej części powiatu znajduje się fragment Jeziora Mucharskiego.

Obszar powiatu suskiego jest gęsto porośnięty lasami – lasy i tereny leśne zajmują 46,4% jego powierzchni. W niektórych gminach powiatu odsetek ten jest wyższy, np. w gminie Zawoja – 61,3% i w gminie Bystra-Sidzina – 54,2%. Natomiast użytki rolne stanowią 43,3% powierzchni powiatu, w tym 16,1% to łąki i pastwiska. W dolnych partiach gór pola uprawne wyparły pierwotne lasy bukowo-jodłowo-świerkowe z domieszką jawora. Jedynie w górnych partiach zachowała się w stanie naturalnym buczyna karpacka z pewnym udziałem jodły, wypieranej jednak przez świerk. W poszyciu leśnym dominują paprocie i borówka czarna. Na najwyższych szczytach powiatu znaleźć można kolejne piętra roślinności: karpacki bór świerkowy (1150–1400 m), piętro kosodrzewiny (1400–1650 m) i piętro alpejskie (pow. 1650 m).

Szczególnie cenne pod względem przyrodniczym obszary powiatu suskiego chronione są w Babiogórskim Parku Narodowym oraz Parku Krajobrazowym Beskidu Małego. Planowane jest również utworzenie parku krajobrazowego obejmującego obszar Beskidu Makowskiego i część Pasma Babiogórskiego znajdujących się poza parkiem narodowym. Poza tym znajdują się tutaj dwa rezerwaty przyrody Madohora i na Policy im. prof.