Na klimat powiatu wpływa jego położenie w obszarze górskim, gdzie temperatura powietrza spada wraz z wysokością. Doliny górskie i niższe szczyty do wysokości około 700 m n.p.m. leżą w obrębie piętra umiarkowanie ciepłego. Wyżej znajdują się piętra umiarkowanie chłodne (do 1080 m), chłodne (do 1400 m) i bardzo chłodne (pow. 1400 m). Średnie roczne temperatury kształtują się od 8 °C w dolinach do 0,5 °C na Babiej Górze, a średnie opady od około 800–1000 mm w najniższych partiach do ponad 1500 mm powyżej 1400 m n.p.m. W dolinach występuje dość często zjawisko inwersji temperatur. Z zachodu i południowego zachodu wieją czasami dość silnie wiatry, niekiedy o charakterze wiatru halnego.
Najważniejszą rzeką powiatu jest Skawa, która płynie z południowo-wschodniej części powiatu na północ. Nieomal cały powiat położony jest w zlewni górnej Skawy, poza wsiami Hucisko na zachodzie (dorzecze Soły) i Łętownią na wschodzie (dorzecze Raby). Najważniejsze dopływy Skawy na terenie powiatu suskiego to: Bystrzanka, Skawica, Stryszawka i Paleczka. Dolina Skawy stanowi główną oś osadniczą powiatu, w której lokują się trzy miasta powiatu Sucha Beskidzka, Maków Podhalański i Jordanów.