Po wycofaniu się wojsk Markomanów ok. 170, cesarz Marek Aureliusz zlecił budowę obozu legionistów Castra Regina (pol. warownia nad rzeką Regen). Obóz otaczał mur wysoki na ok. 10 m, z czterema bramami i licznymi wieżami. Jego zarys jest do dziś widoczny na terenie obecnego Starego Miasta. Do czasów obecnych zachowały się również kamienne pozostałości Porta Praetoria, bramy północnej.
W obozie stacjonował III Legion Rzymski liczący ok. 6000 żołnierzy. Castra Regina była główną bazą wojskową w Recji. Baza poza stolicą prowincji, w tym przypadku Augsburgiem, stanowiła wyjątek w rzymskim systemie administracyjnym. Około 400, w okresie wielkiej wędrówki ludów, Rzymianie zostali zmuszeni opuścić kasztel, który po ich odejściu został przekształcony w warowną osadę.
Biskupstwo W latach 500–788 Ratyzbona była siedzibą książąt Bawarów Agilofingów. W 739 św. Bonifacy założył tutaj biskupstwo. Agilofingowie panowali w Ratyzbonie do 788, kiedy to Tassilo III, ówczesny władca Bawarii i lennik Karola Wielkiego został ukarany przez cesarza za niesubordynację polityczną i wygnany z miasta.
Ratyzbona to jedna z najstarszych diecezji w Niemczech, powołana do życia w 739 przez biskupa Moguncji Bonifacego. Chociaż miasto przeszło w 1542 na protestantyzm, to pozostało siedzibą biskupów katolickich do dziś.