Miasto nazywane też było: Quadratą, Germanisheim, Hyatopolis, Ymbripolis, Reginopolis lub Tyberiną.
Pierwsze osadnictwo Zakole Dunaju koło Ratyzbony było zamieszkane już w czasach neolitu. Na początku 2006, ok. 100 m na wschód od muru dawnego obozu legionu rzymskiego, odkryto groby celtyckie, datowane na ok. 400 p.n.e.
Cesarstwo Rzymskie Rzymska historia Ratyzbony zaczyna się wraz z budową pierwszego kasztelu (łac. Castellum) w 79, który wzniesiono na terenie dzisiejszej dzielnicy Kumpfmühl. Kasztel służył jako punkt obserwacyjny nad ujściami rzek Naab i Regen. Był otoczony fosą oraz palisadą, a w latach późniejszych murem kamiennym. Mógł pomieścić 1000 legionistów piechoty albo 500 konnych.
Wiek osady naddunajskiej odkrytej na terenie dzisiejszego zachodniego Starego Miasta również szacuje się na I w. n.e. W pobliżu ujścia rzeki Naab do Dunaju znaleziono pozostałości wieży obserwacyjnej. Z tego czasu pochodzi też najprawdopodobniej najstarszy rzymski browar na północ od Alp (obecnie pawilon rzymski przy Kornweg). Kasztel i osada zostały zniszczone w drugiej połowie 160 w czasie wojen markomańskich.