miejsce za Paris Saint-Germain, ale klub za przekupstwo graczy Valenciennes FC został zdegradowany do Ligue 2, a najlepsi piłkarze oraz trener Goethals odeszli z zespołu. Odszedł także Stojković, który przez 3 lata pobytu na Stade Vélodrome rozczarował kibiców swoją grą, przez większą część tego okresu lecząc rozmaite kontuzje i urazy. Ogółem zagrał w niej w 29 ligowych spotkaniach i strzelił 5 bramek.
Nagoya Grampus Eight Wiosną 1994 roku Stojković wyjechał aż do Japonii, do drużyny Nagoya Grampus Eight prowadzonej przez Arsène’a Wengera. Dragan obok Gary’ego Linekera był najbardziej znanym zawodnikiem drużyny z Nagoi. Największe sukcesy odnosił w 1995 roku, gdy doprowadził drużynę najpierw do 4. miejsca w pierwszej fazie oraz wicemistrzostwa drugiej fazy i w nagrodę został wybrany piłkarzem sezonu w J-League. W Grampus Eight „Pixy” spędził łącznie 7 sezonów, w trakcie których wystąpił w 183 meczach i strzelił w nich 57 goli. Swój pożegnalny mecz rozegrał 6 października 2001 roku.