Po 120 minutach w Bari był bezbramkowy remis (Stojković wszedł na boisko w 112. minucie zmieniając Érica Di Meco), a w serii rzutów karnych lepsi okazali się Jugosłowianie i to oni zostali najlepszą drużyną Europy. Stojković jednak nie grał tak dobrze, jak od niego oczekiwano i w lidze wystąpił zaledwie w 11 meczach w dużej części sezonu lecząc kontuzję.
Hellas Verona W 1991 roku niemający miejsca w składzie klubu z Marsylii Stojković został wypożyczony do włoskiego Hellasu Verona. W Serie A razem z Florinem Răducioiu miał stanowić o sile ofensywnej klubu z Werony. Dragan wystąpił jednak tylko w 19 meczach i zdobył w nich jednego gola, podczas gdy jego rumuński kolega zaledwie dwukrotnie trafiał do siatki, a Hellas zajmując dopiero 16. miejsce w tabeli zostało zdegradowane do Serie B.
Powrót do Marsylii W 1992 roku Stojković wrócił do Olympique, ale cały sezon 1992/1993 spędził na leczeniu urazów i ani razu nie zagrał w drużynie Goethalsa, w tym także udanej dla klubu z Marsylii przygodzie z Pucharem Mistrzów, gdy w finale pokonali 1:0 A.C. Milan. Do składu OM Dragan wrócił w sezonie 1993/1994 i wystąpił w 18 ligowych meczach oraz strzelił w nich 5 bramek. Z Marsylią co prawda zajął 2.