Francuzi weszli do miasta mimo srogiego oporu lazzaroni, którzy pozostali oddani swojemu królowi, za to z pomocą szlachty i mieszczaństwa. W styczniu 1799 powołali do życia Republiką Partenopejską. Intelektualiści, którzy stanęli na czele republiki, byli przekonani, że ludzie potrzebują wolności i kultury, zamiast chleba i pracy. Kiedy kilka tygodni później francuskie oddziały zostały wezwane do północnych Włoch, Ferdynand wysłał ekspedycję złożoną z Kalabryjczyków pod dowództwem kardynała Ruffo, aby odbili oni kontynentalną część królestwa. Ruffo, wspomagany przez angielską artylerię, Kościół oraz pro-burbońską arystokrację, i wykorzystując neutralność i biedę ludzi, odniósł wielkie zwycięstwo. Neapol został zdobyty w maju 1800. W walkach z Francuzami odznaczył się między innymi bandyta znany jako Fra Diavolo. Kilka miesięcy później Ferdynand powrócił oficjalnie na tron.
Król i królowa oboje byli zgodni, że rebeliantom nie zostanie okazane miłosierdzie. Maria Karolina wykorzystała kochankę Nelsona – Emmę, lady Hamilton, żeby przekonała kochanka do swojej własnej przekornej zemsty.