Kiedy jednak francuska monarchia została obalona, a król Ludwik XVI i królowa Maria Antonina, siostra Marii Karoliny, oboje zgilotynowani, Ferdynand i Maria Karolina przestraszyli się i dołączyli do pierwszej koalicji antyfrancuskiej (1793).
Okupacja francuska Pokój z Francją został podpisany w 1796, a francuskie wojska podległe Dyrektoriatowi okupowały Rzym. Ferdynand nie czuł się pewnie, przekonany przez swoją żonę postanowił uderzyć na Francuzów. Chciał zatrzeć zwycięstwo Napoleona w Egipcie oraz zwycięstwa admirała Horatio Nelsona. Razem ze swoją armią pomaszerował do Rzymu, wszedł do miasta 29 listopada, ale został pokonany i musiał zawracać do Neapolu. Kiedy Francuzi stanęli pod bramami miasta, uciekł na pokładzie statku Nelsona – Vanguard, na Sycylię. Pozostawił stolicę pogrążoną w anarchii.thumb|300x300px|left|Portret neapolitańskiej rodziny królewskiej (1783). Od lewej strony: Maria Teresa, Franciszek, Ferdynand, Maria Karolina, Maria Krystyna, Karol January (zm. 1789), Luiza Maria i Jan Karol (w kołysce, zm. 1783)