W ramach POKL na poziomie centralnym działa osiem Instytucji Pośredniczących II stopnia. Są to: Centrum Rozwoju Zasobów Ludzkich, Władza Wdrażająca Programy Europejskie w Ministerstwie Administracji i Cyfryzacji, Polska Agencja Rozwoju Przedsiębiorczości, Ministerstwo Zdrowia - Departament Funduszy Europejskich, Ośrodek Rozwoju Edukacji (ORE), Ministerstwo Administracji i Cyfryzacji, Departament Administracji Publicznej, Ministerstwo Pracy i Polityki Społecznej, Departament Wdrażania EFS, Kancelaria Prezesa Rady Ministrów, Biuro Dyrektora Generalnego.
Na poziomie regionalnym działa piętnaście Instytucji Pośredniczących II stopnia. Są to najczęściej Wojewódzkie Urzędy Pracy.
Beneficjenci Projekty składane w ramach programu PO Kapitał Ludzki, będą rozpatrywane na dwa sposoby: systemowym - projekty mające charakter ogólnokrajowy lub wojewódzki, przeznaczone dla ściśle określonych beneficjentów, konkursowym - projekty o dofinansowanie będą mogły składać wszystkie podmioty (prócz osób fizycznych), a w szczególności: organizacje pozarządowe,