Opozycja na czele z Islamską Partią Tadżykistanu domagała się utworzenia w Tadżykistanie państwa islamskiego, a następnie jego przemiany w kalifat rozciągnięty na całą Azję Środkowąhttps://web.archive.org/web/20180715094412/http://www.understandingwar.org/tajikistan-and-afghanistan „hile the IMU still seeks to topple the Uzbek government, it now also wants to establish an Islamic Caliphate that spans Central Asia.”.. Wojna zakończyła się w 1997 roku zwycięstwem rządu, a na mocy układu Zjednoczona Opozycja Islamska uzyskała m.in. 30% stanowisk w administracji rządowej. Na podstawie Rezolucji Rady Bezpieczeństwa ONZ nr 738 z 29 stycznia 1992 roku Tadżykistan został członkiem ONZ.
Od czasu deklaracji niepodległości Tadżykistan nie posiadał większego znaczenia na arenie międzynarodowej. Zmieniło się to w momencie rozpoczęcia przez USA działań zbrojnych w Afganistanie. Graniczący z tym państwem Tadżykistan stał się bazą dla wojsk amerykańskich. Władze tadżyckie wykorzystały szansę, jaką daje strategiczne położenie kraju i wynegocjowały znaczną pomoc finansową ze strony Stanów Zjednoczonych. Prezydent Emomali Rahmonow traktowany był w Waszyngtonie jako ważny sprzymierzeniec. Tak naprawdę jednak nie mógł on odrzucić amerykańskiego zainteresowania.