Władze radzieckie nie przeprowadziły w Tadżykistanie żadnych znaczących inwestycji i przez cały okres istnienia ZSRR Tadżykistan był gospodarczo dyskryminowany, a poziom życia ludności utrzymywał się na bardzo niskim poziomie. 9 września 1991 roku ogłoszona została deklaracja niepodległości.
Tuż po uzyskaniu niepodległości masowe demonstracje zmusiły pierwszego prezydenta kraju Rahmona Nabijewa do ustąpienia. Jeszcze przed tym rozpoczęła się niosąca szerokie zniszczenia wojna domowa, w której nowy prezydent Emomali Rahmonow mający poparcie wojsk Wspólnoty Niepodległych Państw walczył z pragnącymi przejąć władzę w młodym kraju organizacjami islamskimi wspieranymi przez zagranicznych dżihadystów, w tym; Al-KaidęInside Al Qaeda: global network of terror, by Rohan Gunaratna, s. 169., Islamską Republikę Afganistanu, talibówLena Jonson Tajikistan in the New Central Asia: Geopolitics, Great Power Rivalry and s. 96. 2006. ., a także uzbeckich islamistów.