Wraz z klubem zdobył także mistrzostwo Niemiec. 30 sierpnia 2013 zagrał przeciwko Chelsea w meczu o Superpuchar Europy UEFA. Mecz zakończył się wynikiem 2:2 po dogrywce, a w serii rzutów karnych Neuer obronił strzał Romelu Lukaku. Neuer został wybrany piłkarzem roku według francuskiego „L’Equipe” za rok 2014. Ponadto został po raz uznany za najlepszego bramkarza na świecie według IFFHS. 12 stycznia uplasował się na 3. pozycji w plebiscycie Złotej Piłki FIFA, za Cristiano Ronaldo i Lionelem Messim. 2 kwietnia 2016, dzięki czystemu kontu w meczu z Eintrachtem Frankfurt (1:0), Neuer skończył mecz bez straconej bramki po raz 150. w 311 meczach w Bundeslidze. W maju 2017, po decyzji Philippa Lahma o zakończeniu kariery piłkarskiej, Neuer został mianowany nowym kapitanem drużyny. 13 września wystąpił w swoim 100. meczu w rozgrywkach Ligi Mistrzów przeciwko Anderlechtowi (3:0).