Minister sprawiedliwości 14 czerwca 2000 został powołany przez prezydenta Aleksandra Kwaśniewskiego na urząd ministra sprawiedliwości w rządzie Jerzego Buzka, stając się następcą Hanny Suchockiej. Stanowisko to zajmował do 5 lipca 2001. Jako prokurator generalny wydał w 2000 wytyczne dla prokuratorów, aby w większości spraw określonego rodzaju występowali do sądów o zastosowanie tymczasowego aresztowania wobec podejrzanych. Późniejsze stosowanie tymczasowego aresztowania skutkowało w grudniu 2007 tzw. sygnalizacją Europejskiego Trybunału Praw Człowieka, kwestionującą w opinii tego trybunału zbyt częste i nieuzasadnione orzekanie oraz przedłużanie tymczasowego aresztowania.
Prezes Prawa i Sprawiedliwości W 2001 stanął na czele Prawa i Sprawiedliwości, nowej (współtworzonej z bratem) partii, powstałej na bazie dawnego Porozumienia Centrum, jego współpracowników z NIK i MS oraz niektórych byłych członków Akcji Wyborczej Solidarność. W tym samym roku z listy PiS uzyskał mandat posła na Sejm IV kadencji w okręgu gdańskim.