Następnie sprawował mandat posła na Sejm I kadencji (1991–1993) z listy Porozumienia Obywatelskiego Centrum (nie będąc formalnie członkiem partii Porozumienie Centrum).
Od 12 marca 1991 do 31 października 1991 w Kancelarii Prezydenta RP Lecha Wałęsy zajmował stanowisko ministra stanu do spraw bezpieczeństwa nadzorującego pracę Biura Bezpieczeństwa Narodowego. Z pracy w KPRP odszedł po konflikcie z Lechem Wałęsą i szefem jego gabinetu Mieczysławem Wachowskim.
14 lutego 1992 został wybrany przez Sejm na stanowisko prezesa Najwyższej Izby Kontroli.. Sześcioletniej kadencji nie ukończył, gdyż w 1995 uchwałami Sejmu (z 26 maja) i Senatu (z 8 czerwca) został odwołany z tego urzędu. W wyborach parlamentarnych w 1993 startował bez powodzenia z listy komitetu wyborczego PC-Zjednoczenie Polskie w okręgu nowosądeckim.
Był kandydatem na urząd prezydenta RP w wyborach w 1995.. Zrezygnował 30 października (jeszcze przed pierwszą turą głosowania), zgłaszając gotowość poparcia każdego, kto – jego zdaniem – miał szansę pokonać Lecha Wałęsę (wymienił wówczas Hannę Gronkiewicz-Waltz, Jana Olszewskiego, a także Jacka Kuronia).