Był w imieniu Niemiec sygnatariuszem traktatu wersalskiego, co nie przysporzyło mu sympatii w społeczeństwie. Reprezentował rewizjonistyczne poglądy w sprawie polskiego Śląska, Pomorza i Poznańskiego, aczkolwiek wszystkie partie w tamtym czasie nie akceptowały oddania Polakom tych ziem. Wydana przez Eberta proklamacja o neutralności Niemiec w czasie wojny polsko-bolszewickiej 1919–1921 wprowadzała zakaz tranzytu przez Niemcy materiałów wojskowych z Francji z pomocą dla walczących Polaków.
Kadencja Eberta została wydłużona w październiku 1922 r. do czerwca 1925 r. w celu uniknięcia prowadzenia kampanii prezydenckiej podczas poważnego kryzysu politycznego. Urząd prezydenta pełnił on do śmierci w lutym 1925 r., która nastąpiła z powodu odkładanej operacji jelita ślepego. Powodem opóźnienia wykonania operacji była konieczność uczestniczenia Eberta w tzw. procesie magdeburskim z grudnia 1924 r. Wyrok w tym procesie przyczynił się zdaniem ówczesnych obserwatorów sceny politycznej oraz historyków do znaczącego osłabienia stanu zdrowia prezydenta. Proces magdeburski dotyczył oskarżenia Eberta przez dziennikarza prasy nacjonalistycznej o poparcie strajków w styczniu 1918 r. i idącą za tym zdradę kraju.