28 października 2016 po raz drugi został wybrany na prezesa PZPN i pełnił tę funkcję do 18 sierpnia 2021. 2 września 2024 usłyszał zarzut popełnienia przestępstwa dotyczącego działania na szkodę PZPN. Prokuratura zarzuciła mu, że w okresie od listopada 2014 do sierpnia 2021, jako prezes federacji, działając wspólnie i w porozumieniu z innymi osobami, wyrządził związkowi szkodę majątkową wielkich rozmiarów w kwocie przekraczającej 1 mln zł, w związku z umową sponsorską. Boniek nie przyznał się do zarzucanego mu czynu.
Od września 2017 jest członkiem rady nadzorczej Ekstraklasy SA.
Europa mały|Boniek i Gianni Infantino podczas losowania fazy grupowej UEFA EURO 2012 (zdj. z 2011) 5 kwietnia 2017 podczas 41. Kongresu Europejskiej Unii Piłkarskiej w Helsinkach, otrzymując 45 na 55 możliwych głosów, został wybrany w skład Komitetu Wykonawczego UEFA, stając się drugim Polakiem w historii – po Leszku Rylskim (lata 1956-64 i 1966-68) – przyłączym do tego komitetu. Pełni funkcję przewodniczącego Komisji UEFA ds. Statusu Zawodników, Transferów, Agentów i Agentów Meczowych, wiceprzewodniczącego Komisji UEFA ds. Rozwoju i Wspierania Szkolenia. Jest także członek Panelu Doradczego ds. Szkolenia (TAP) w Międzynarodowej Radzie Piłkarskiej (IFAB).