3 grudnia 2002 zrezygnował z funkcji selekcjonera reprezentacji Polski.

Kariera działacza Polska mały|Boniek po wręczeniu Pucharu Polski Zawiszy Bydgoszcz (2014) W 1999 kandydował na stanowisko prezesa Polskiego Związku Piłki Nożnej, ale przegrał z Michałem Listkiewiczem. Od 2000 do sierpnia 2002 pełnił funkcję wiceprezesa PZPN ds. marketingu, po czym objął stanowisko selekcjonera reprezentacji Polski w piłce nożnej.

Od 2004 do 20 lipca 2006 był jednym ze współwłaścicieli i członków zarządu Widzewa Łódź, a od 18 czerwca 2007 do września 2008 był członkiem rady nadzorczej Klubu Sportowego Widzew Łódź SA.

30 października 2008 kandydował w wyborach na prezesa polskiej federacji piłkarskiej, ale przegrał z Grzegorzem Latą. 26 października 2012, zwyciężył w wyborach po zdobyciu w drugiej turze 61 głosów delegatów (przy wymaganych co najmniej 59), dzięki czemu objął urząd prezesa Polskiego Związku Piłki Nożnej. Po zatrudnieniu przez Bońka Adama Nawałki w 2013 reprezentacja Polski zakwalifikowała się na Mistrzostwa Europy 2016, na których dotarła do ćwierćfinału turnieju, osiągając najlepszy wynik na tych rozgrywkach. Polska od początku kadencji Bońka awansowała w rankingu FIFA o 47 lokat (z 54. miejsca w 2012 na piąte miejsce w 2017).