W czerwcu 1998 roku Mantilla osiągnął najwyższą pozycję rankingową w karierze, awansując na 10. miejsce. Pozycję tę zawdzięczał przede wszystkim półfinałowi French Open, do którego awansował po wyeliminowaniu m.in. Thomasa Mustera. W dalszej części sezonu Hiszpan ponownie okazał się najlepszy w Bournemouth, a ponadto dochodził do finałów w Dubaju i Long Island.
W 1999 roku wygrał 1 turniej, po finałowym zwycięstwie w Barcelonie z Karimem al-Alamim. W dwóch turniejach ATP Masters Series na kortach ziemnych, w Monte Carlo i Rzymie, dochodził do półfinałów. W Indian Wells, na twardej nawierzchni, wyeliminował Pete Samprasa.
W 2000 roku Mantilla nie zdołał odnieść turniejowego zwycięstwa, a pół sezonu stracił ze względu na kontuzję. Na korty powrócił w styczniu 2001 roku, a w kolejnych miesiącach awansował do finału w Estoril, gdzie pokonał go Juan Carlos Ferrero. Także w 2001 roku Mantilla doczekał się po dwuletniej przerwie wygranej turniejowej w ATP World Tour, po finale w Palermo z Davidem Nalbandianem.