Krótko po wystartowaniu porywacz kazał stewardesie Mucklow, która siedziała z nim, aby poszła do kokpitu i tam została. Zanim weszła za zasłonę oddzielającą pomieszczenia załogi od przedziału pierwszej klasy, zauważyła, że mężczyzna przywiązuje sobie coś do paska – jej zdaniem linę. Chwilę później w kabinie załoga zauważyła kontrolkę wskazującą, że Cooper próbuje otworzyć drzwi. Kapitan zapytał go przez interkom, czy jest coś, co mogą dla niego zrobić – usłyszał krótką odpowiedź: „Nie”.
thumb|Animacja ukazująca jak schody Boeinga 727 zostały użyte do ucieczki. Nie były zaprojektowane do używania w powietrzu i po skoku można było je zamknąć dopiero po wylądowaniu. Załoga zauważyła zmianę ciśnienia w kabinie. Cooper opuścił schody ogonowe i wyskoczyłBragg, p. 4.. To był ostatni raz kiedy go widziano. FBI uważa, że wyskoczył o 20:13 nad południowo-zachodnią częścią stanu Waszyngton, ponieważ schody „podskoczyły” w tym czasie, jakby zostały uwolnione spod masy odpowiadającej człowiekowi. Gdy Cooper wyskoczył, samolot leciał przez potężną ulewę, przez chmury nie było widać żadnych świateł z ziemi. Z powodu słabej widoczności skoku nie zauważyli piloci myśliwców F-106 śledzący boeinga.