Z czasem jednak nabrał upodobania do poezji sufickiej i przyswoił nauki o tolerancji religijnej, co miało duże znaczenie dla charakteru jego przyszłych rządów.
Okazja do powrotu do Indii nadarzyła się kilka lat później. Po śmierci Szer Szaha (1545) oraz jego syna Ismaila (1554) doszło do walki w łonie dynastii Suri, której członkowie podzielili między siebie imperium. Moment ten wykorzystał Humajun, by wkroczyć do Indii, podobnie jak jego ojciec prawie 30 lat wcześniej. W bitwie pod Sirhindem Sikandar Suri został pobity i Humajun w lipcu 1555 roku, po 15 latach wygnania, wkroczył do Delhi. Wkrótce odzyskał także Agrę. Szczęśliwy z odzyskania dziedzictwa Humajun zaczął zajmować się swoimi pasjami: astrologią i poezją, oraz planami przebudowy administracji imperium. Przeciw niemu zbierały się jednak armie wrogów – zarówno muzułmanów, zwolenników dynastii Suri, jak i hindusów, którzy pod wodzą zdolnego ministra Himu chcieli usunąć muzułmanów z Delhi. Padyszach nie doczekał się jednak rozstrzygającego starcia. Zginął w wyniku nieszczęśliwego upadku, gdy schodził po drabinie ze swojego punktu obserwacyjnego.